Im süddeutschen Raum sind bislang 23 Fledermausarten nachgewiesen worden. Vier dieser Arten sind dominant in den Rheinauenwäldern vertreten, da sie dort ihre Tagesverstecke haben.
Die Verstecke dieser Fledermäuse befinden sich in natürlichen Strukturen in Bäumen (Baumhöhlen, Spalten etc.), aber auch in Fledermaus- und Vogelkästen sowie an (Wohn-)Gebäuden, die in oder nahe an den Rheinauenwäldern stehen.
Die vier dominant auftretenden Arten sind:
- Mückenfledermaus (Pipistrellus pygmaeus)
- Kleinabendsegler (Nyctalus leisleri)
- (Großer) Abendsegler (Nyctalus noctula)
- Rauhautfledermaus (Pipistrellus nathusii)
Neben diesen vier häufigsten Fledermausarten werden in den Rheinauen, jedoch in sehr viel geringerem Umfang, noch Quartiere der folgenden Arten gefunden:
- Wasserfledermaus (Myotis daubentonii)
- Zwergfledermaus (Pipistrellus pipistrellus)
- Braunes Langohr (Plecotus auritus)
- Bartfledermaus (Myotis mystacinus)
- Großes Mausohr (Myotis myotis)
- Bechsteinfledermaus (Myotis bechsteinii)
- Brandtfledermaus (Myotis brandtii)
Weitere Fledermausarten wurden dagegen bislang nur bei der Jagd in die Rheinauen beobachtet:
- Breitflügelfledermaus (Eptesicus serotinus)
- Fransenfledermaus (Myotis nattereri)
- Graues Langohr (Plecotus austriacus)
- Zweifarbfledermaus (Vespertilio murinus)
- Wimpernfledermaus (Myotis emarginatus)
Darüber hinaus kann nicht völlig ausgeschlossen werden, dass auch einige dieser oder noch weitere, bisher nicht genannte Fledermausarten, ebenfalls Quartiere in den Rheinauenwäldern haben könnten.